คือ การผ่าตัดเพื่อรักษาโรคต่างๆในโพรงจมูกและไซนัส ได้แก่โรคไซนัสอักเสบเรื้อรัง (chronic rhinosinusitis), โรคริดสีดวงจมูก (nasal polyp), โรคผนังกั้นจมูกคด (deviated nasal septum), โรคเนื้องอกของโพรงจมูกและไซนัส (tumor of nose and paranasal sinus)  รวมทั้งยังสามารถรักษาโรคของอวัยวะใกล้เคียง เช่น ภาวะน้ำในสมองรั่วเข้ามาในโพรงจมูก (cerebrospinal fluid rhinorrhea), ถุงน้ำตาอักเสบเรื้อรัง (chronic dacryocystitis), โรคที่ต้องผ่าตัด เพื่อลดความดันในกระบอกตา เช่นโรคต่อมธัยรอยด์เป็นพิษ (thyroid orbitopathy) และโรคเนื้องอกของต่อมใต้สมอง (pituitary adenoma) ด้วยกล้องเอ็นโดสโคป ซึ่งจะช่วยให้เห็นภาพได้โดยตรง และชัดเจน  โดยเฉพาะในบริเวณที่ไม่สามารถมองเห็นได้ด้วยตาเปล่า ทำให้การประเมินพยาธิสภาพ และการรักษาโดยการผ่าตัดภายในโพรงจมูกและไซนัสเป็นไปได้อย่างถูกต้องและแม่นยำมากขึ้น

ในปัจจุบันการผ่าตัดโดยวิธีนี้ได้รับการยอมรับอย่างกว้างขวางว่าได้ผลดีสำหรับโรคดังกล่าว ทั้งนี้ขึ้นกับประสบการณ์ และความชำนาญของแพทย์ผู้ผ่าตัด รวมทั้งการดูแลหลังผ่าตัดที่ดี การผ่าตัดโดยวิธีนี้ใช้กล้องเอนโดสโคป ซึ่งเป็นกล้องขยายที่มีขนาดเล็ก ดูบริเวณรอยโรคในโพรงจมูกและไซนัส และใช้เครื่องมือผ่าตัดที่ถูกออกแบบมาเฉพาะเพื่อการผ่าตัดนี้  แพทย์ผู้ผ่าตัดจึงเห็นบริเวณผ่าตัดได้ชัดเจนกว่าการผ่าตัดด้วยตาเปล่า เนื่องจากเป็นการผ่าตัดผ่านรูจมูก โดยทั่วไป จึงไม่มีแผลผ่าตัดที่ผิวหนัง แต่หากแพทย์ต้องดัดแปลงการผ่าตัดเพื่อผู้ป่วยเฉพาะราย อาจมีแผลผ่าตัดที่ผิวหนังร่วมด้วย ซึ่งแพทย์จะแจ้งให้ผู้ป่วยทราบเป็นรายๆ

เมื่อแพทย์พิจารณาว่าผู้ป่วยสมควรได้รับการผ่าตัดด้วยวิธีนี้ แพทย์จะปรึกษากับผู้ป่วยว่าจะทำผ่าตัดโดยวิธีดมยาสลบ หรือฉีดยาชาเฉพาะที่ ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับความรุนแรงของโรค และความสมัครใจของผู้ป่วย   ในกรณีที่ดมยาสลบ ผู้ป่วยจะได้รับการตรวจเพิ่มเติม เช่น การเจาะเลือดตรวจ, ตรวจปัสสาวะ, ถ่ายภาพรังสีทรวงอก, ตรวจคลื่นไฟฟ้าหัวใจ  เพื่อให้แน่ใจว่าผู้ป่วยมีโอกาสเสี่ยงต่อการดมยาสลบน้อยที่สุด  แพทย์จะนัดให้ผู้ป่วยมาอยู่โรงพยาบาลอย่างน้อย 1 วันก่อนผ่าตัด เพื่อเตรียมความพร้อม  โดยทั่วไปการผ่าตัดใช้เวลาประมาณ 1 – 3 ชั่วโมงซึ่งขึ้นกับชนิด และความรุนแรงของโรค  หลังจากผ่าตัดเสร็จ แพทย์จะใส่วัสดุห้ามเลือดไว้ในโพรงจมูก ซึ่งอาจทำให้ผู้ป่วยต้องหายใจทางปาก     หลังผ่าตัด 24-48 ชั่วโมง แพทย์จะเอาวัสดุห้ามเลือดออก ซึ่งถ้าเอาออกได้หมด ไม่มีเลือดออกมากและผู้ป่วยแข็งแรงดีแล้ว ผู้ป่วยอาจกลับบ้านได้ในวันนั้น   แต่หากผู้ป่วยยังไม่แข็งแรงดี  มีปัญหาเลือดออกมาก แพทย์อาจให้ผู้ป่วยอยู่โรงพยาบาล เพื่อเฝ้าดูอาการต่ออีก 1 วัน  โดยทั่วไป ผู้ป่วยจะต้องนอนอยู่ในโรงพยาบาลประมาณ 4 วัน (3 คืน)  บางกรณีหากเลือดออกมาก ผู้ป่วยอาจได้รับการให้เลือด หรือใส่วัสดุห้ามเลือดเข้าไปในโพรงจมูกเพิ่มอีก หรือหากมีภาวะแทรกซ้อนหลังผ่าตัด อาจทำให้ผู้ป่วยต้องอยู่โรงพยาบาลนานขึ้น

เนื่องจากโพรงจมูกและไซนัสอยู่ใกล้กับอวัยวะสำคัญเช่น ตา สมอง การผ่าตัดจึงอาจเกิดอันตรายกับอวัยวะใกล้เคียงได้ ทั้งนี้ขึ้นกับประสบการณ์และความชำนาญของแพทย์ ผู้ป่วยจึงควรทราบภาวะแทรกซ้อนที่อาจเกิดขึ้นได้ เพื่อใช้ประกอบการตัดสินใจในการรับการผ่าตัด หากมีข้อสงสัยควรปรึกษาแพทย์ผู้ทำผ่าตัดให้เข้าใจก่อนรับการผ่าตัด  ภาวะแทรกซ้อนรุนแรงที่อาจเกิดขึ้น ได้แก่

ในผู้ป่วยบางราย อาจจะต้องทำการผ่าตัดเพื่อรักษาภาวะผนังกั้นช่องจมูกคด (septoplasty) ร่วมด้วย ซึ่งอาจทำให้เกิดภาวะแทรกซ้อน คืออาการชาที่ริมฝีปากบนบริเวณฟัน 4 ซี่หน้า หากเกิดขึ้น อาการดังกล่าวอาจเป็นเพียงชั่วคราว แล้วค่อย ๆ หายไปเองภายใน 1 – 2 เดือน หรืออาจเป็นถาวร หากมีการกระทบกระเทือน หรือบาดเจ็บมาก  นอกจากนี้อาจเกิดรูทะลุของผนังกั้นช่องจมูก (septal perforation) ซึ่งมองไม่เห็นจากภายนอก และส่วนใหญ่ไม่มีอาการใด ๆ  ส่วนน้อย ผู้ป่วยอาจมีน้ำมูกแห้ง ๆ เกาะบริเวณรูที่ทะลุบ่อย ๆ  อาจมีเลือดกำเดาออกเป็นครั้งคราว และในบางรายอาจได้ยินเสียงลมวิ่งผ่านรูทะลุเวลาหายใจ  หากมีอาการ ก็สามารถทำผ่าตัดเพื่อปิดรูทะลุดังกล่าวได้ อย่างไรก็ตามภาวะแทรกซ้อนเหล่านี้ มีโอกาสเกิดขึ้นได้น้อย โดยขึ้นกับปัจจัยหลายอย่าง เช่นประสบการณ์และความชำนาญของแพทย์, ความรุนแรงของโรค